Более 100 лет отделяют приют для подкидышей от современного научно-исследовательского института, оснащенного новейшим оборудованием, владеющего высокими технологиями лечебно-диагностического и организационного мастерства, укомплектованного кадрами высокой квалификации, способными решать фундаментальные и прикладные задачи медицинской науки.
Истоки истории Института педиатрии относятся к концу XIX века. В 1909 году на средства купчихи А.Н. Марковой был построен дом для подкидышей и сирот на 100 мест. Возглавил это учреждение замечательный русский педиатр А.С. Пальмов (1870-1961), сумевший добиться значительного снижения летальности детей в приюте. Этот успех был отмечен Почетным дипломом Всероссийской гигиенической выставки и вызвал чувство удовлетворения у И.И. Мечникова, посетившего приют в 1911 году.
В 1918 году приют был преобразован в Дом матери и ребенка, который стал методическим и лечебным центром по охране здоровья детей Нижегородского края, а 11 декабря 1929 года президиум Нижегородского крайисполкома постановил организовать в Нижнем Новгороде Областной институт охраны материнства и младенчества. Его первым директором стала Р.Я. Сандлер.
С 1935 года интенсивная лечебно-консультативная организационно-методическая работа в институте стала сочетаться с научной деятельностью по проблеме рационального вскармливания детей.
С началом Великой Отечественной войны помещение института было отдано под терапевтическую клинику областной больницы. С марта 1945 года по распоряжению Совета Народных Комиссаров РСФСР институт был восстановлен под названием «Областной научно-исследовательский педиатрический институт».
В послевоенные годы перед институтом была поставлена сложная задача — ликвидация отрицательных последствий тяжелых военных лет, обусловивших широкое распространение рахита, дистрофий, анемий, глистных инвазий, высокую заболеваемость и неблагоприятное течение пневмоний, острых желудочно-кишечных заболеваний, ревматизма, гипертонической болезни, организации рационального вскармливания детей, выхаживания недоношенных. Много сил и энергии отдавали этой работе директор института А.А. Прокофьева (1945-1957), ее заместитель по научной работе, профессор Ф.Д. Агафонов, научные сотрудники и врачи.
В 1956 году Горьковский педиатрический институт был переведен в состав учреждений республиканского подчинения.
В институте активно изучалась распространенность, клиника, лечение и профилактика хронической пневмонии, ревматизма и гипертонической болезни у детей. Были разработаны диагностические критерии латентно-текущего ревматизма, особенности реактивности детского организма при различных стадиях и фазах развития ревматического процесса, показания и противопоказания к гормональной терапии, дифференциально-диагностические критерии начальных стадий гипертонической болезни, предложены новые методы лечения.
В 1958 году институт возглавила заслуженный врач РСФСР, кандидат медицинских наук Н.П. Жукова (1958-1979), которая много сделала для его становления в крупный научный центр по педиатрии в Российской Федерации. Руководство научной частью осуществляли профессор Н.И. Козин (1953-1964), профессор А.В.Аболенская (1964-1983), которые воспитали целую плеяду молодых ученых. Первым главным врачом института была Н.М. Сорохтина (1962-1983).
Начиная с 70-х годов основным направлением деятельности института становится изучение проблемы детской гастроэнтерологии. Огромный вклад в формирование института как Республиканского детского гастроэнтерологического центра внес директор института академик РАМН А.А.Баранов (1979-1987). В этот период времени была разработана система изучения распространенности и структуры гастроэнтерологических заболеваний, проводимые исследования стали основой для разработки нормативов стационарной и санаторной помощи детям, внедрения в практику детского здравоохранения системы этапного лечения гастроэнтерологических больных. В клиниках института проведены исследования по определению нормативов пищеварительных функций у детей в возрасте от 0 до 14 лет, обоснована система первичной и вторичной профилактики гастроэнтерологических заболеваний у детей. С 1983 по 1989 гг. научной работой учреждения руководила д.м.н., профессор Г.В. Римарчук.
С 1987 гг. по 2010 г. НИИ возглавлял д.м.н., профессор А.И.Волков. Институт стал одним из первых детских учреждений, где с целью диагностики гастроэнтерологических заболеваний был применен эндоскопический метод исследования, за что А.И. Волков был удостоен Государственной премии СССР. В 1991 году приказом Минздрава РФ институт был переименован в Нижегородский научно-исследовательский институт детской гастроэнтерологии.
Под руководством А.И.Волкова (заместители директора по научной работе д.м.н. Ю.П. Ипатов (1990-1999), д.м.н. Е.И. Шабунина (2000-2010)) были разработаны новые методические приемы и методы диагностики при заболеваниях пищеварительной системы, защищенные патентами. Приоритетные исследования института в области саливалогии послужили базой для открытия «Явление регуляции биохимического состава крови слюной» (д.м.н., профессор Л.Г. Комарова). На этой основе разработана система неинвазивной диагностики гастроэнтерологических заболеваний у детей, рационального выбора лечения и профилактики.
С 2011 г. институт возглавляла д.м.н., профессор Е.И. Шабунина (заместитель директора по научной работе д.м.н. Е.А. Жукова).
С 1 октября 2014 года в соответствии с приказом Минздрава России от 21.05.2014 г. №229 завершена реорганизация федерального государственного бюджетного учреждения «Нижегородский научно-исследовательский институт травматологии и ортопедии» Министерства здравоохранения Российской Федерации и федерального государственного бюджетного учреждения «Нижегородский научно-исследовательский институт детской гастроэнтерологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации. Новое наименование учреждения после объединения — федеральное государственное бюджетное учреждение «Приволжский федеральный медицинский исследовательский центр» Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБУ «ПФМИЦ» Минздрава России). Директор — Карякин Николай Николаевич. Предмет и основные цели деятельности обоих учреждений сохранены.